Hay clases que crea el programador
Ejemplo:
y otras predefinidas, como por ejemplo:
Math
String
Scanner
Array
Thread
En la biblioteca de clases se puede encontrar el listado completo y los métodos de cada una.
https://docs.oracle.com/javase/7/docs/api/
Paquetes: son como las carpetas de las clases.
Googlear Java Api para obtener la versión más reciente.